شأنها شأن كل الأندية تعتبر كرة القدم هي الأكثر شعبية واهتماماً وبدايتها في النادي تعود البدايات الأولى عام 74/ 1975 في دور التصنيف حيث فاز النادي بالبطولة، وصعد للدرجة الأولى.مدربو كرة القدم
مرت كرة القدم بنادي العين بتجارب كروية عديدة من مختلف المدارس وتعاقبت على النادي نخبة من المدربين العرب والأجانب.
وكانت البداية بالمدرب المواطن/ ناصر ضاغن، ثم تلاه اول مدرب عربي عام 1971 همامي ثم احمد حجيري، حمدي الذيب، عبدالمجيد الشتالي واحمد نجاح.
بعد ذلك تم التعاقد مع نيلسون اليوغسلافي مايانيتش ثم البرازايلي فرانسيسكو، وجوزيه ماريو، والجزائري محي الدين خلف وفي عام 1993 تم التعاقد مع الايطالي البرازيلي الاصل اميرالدو، وعاد للمدرسة العربية عام 1997 للتعاقد مع المصري شاكر عبدالفتاح ثم البرتغالي فينجادا ولم يكمل الموسم حيث جاء الرماني بلاتشي والذي قاد الفريق لموسمي 98/99 – 99/2000. وحقق معه الفوز بأول بطولة للكأس لموسم 98/ 1999. كما فاز ببرونزية المركز الثالث للبطولة الآسيوية للأندية ابطال الدوري.
انجازات كرة القدم
فاز النادي ببطولة الدوري العام 9 مرات هي : (76/77 – 80/81 – 83/84 – 92/93 – 97/9899/2000 2001/2002 2002 /2003 2003/2004). واحرز دوري أبطال أسيا للمرة الاولي عام 2003 , واحتل المركز الثاني في موسم 98/99، واحتل المركز الثالث في البطولة الآسيوية الثامن عشر للأندية ابطال الدوري , وعلي المستوي الخليجي احرز بطولة اندية مجلس التعاون الخليجي لأبطال الدوري عام 2001 .
عدد لاعبي كرة القدم
30 لاعباً بالفريق الأول بقيادة المدرب/ بلاتشي الى جانب ذلك هناك ثلاثة لاعبين اجانب محترفين هم (سيدو تراوري، كلاوديني دا سيلفا ني بالا، سيرجيو ريكاردو).
فريق تحت سن 20 سنة يضم 40 لاعباً
فريق تحت سن 17 سنة يضم 40 لاعباً
فريق تحت سن 15 سنة يضم 40 لاعبا
فريق تحت سن 13 سنة يضم 50 لاعباً
مدرسة الكرة ومركز التكوين
وفي اطار اعداد اللاعبين والكشف المبكر عن المواهب، يمتلك النادي منشآت متكاملة لمدرسة كرة القدم حيث يوجد بها اكثر من 300 لاعب من مختلف الأعمار والمراحل السنية يشرف عليهم نخبة من المدربين المؤهلين، حيث تم اعدادهم فنياً واختيار المتميزين وضمهم للفريق الرسمية للنادي.
كما تم موسم 99/ 2000 احداث مركز تكوين للاعبي كرة القدم وضعت له امكانات متطورة تفي بشؤون تكوين اللاعبين من مختلف الجوانب الفنية والادارية والعلمية وذلك على غرار المدارس الداخلية، وبإشراف كوادر فنية متخصصة.